← Навигация по документации

Обзор

KHEOPS — это платформа обмена данными, которая внутренне использует DCM4CHEE Archive 5.x в качестве PACS с поддержкой DICOMweb. Чтобы отправлять данные / исследования в KHEOPS, можно использовать STOW RS Exporter, для чего требуется отдельно запущенный DCM4CHEE Archive 5.x и который не зависит от архива/PACS, используемого внутри KHEOPS.

Конфигурация

Конфигурация KHEOPS / Базовые тесты

• Установите KHEOPS
• По умолчанию KHEOPS использует следующие версии контейнеров, применяемых DCM4CHEE Archive 5.x внутри себя:
  • Keycloak 9.0.3
  • dcm4che/slapd-dcm4chee/2.4.48-22.2
  • dcm4che/postgres-dcm4chee:12.2-22
  • Версия архива 5.22.2
• Обновление до более новых версий (чем указанные выше) или до последней версии контейнеров архива / Keycloak работает не так, как ожидается, например:
  • Импорт файлов выполняется успешно, но в Inbox не отображаются никакие исследования
    • jboss/keycloak:11.0.3
    • dcm4che/slapd-dcm4chee:2.4.57-23.2
    • dcm4che/postgres-dcm4chee:13.1-23
    • dcm4che/dcm4chee-arc-psql:5.23.2
  • Импорт файлов завершается с ошибкой 502 Bad Gateway
    • jboss/keycloak:11.0.2
    • dcm4che/slapd-dcm4chee:2.4.50-22.6
    • dcm4che/postgres-dcm4chee:12.2-22
    • dcm4che/dcm4chee-arc-psql:5.22.6 Поэтому мы оставляем версии по умолчанию для контейнеров Keycloak / архива, используемых в KHEOPS, без изменений.
• В файлах $KHEOPS_HOME/kheops/docker-compose.env и $KHEOPS_HOME/kheops/docker-compose.yml замените 127.0.0.1 на docker-хост, на котором контейнеры KHEOPS должны быть запущены и работать.
• Кроме того, в файле $KHEOPS_HOME/kheops/docker-compose.yml:
  • Добавьте следующие extra_hosts к контейнерам keycloak и kheops-reverse-proxy ```` extra_hosts:
    • "your.domain.here:127.0.0.1" ````
  • При желании можно смонтировать тома на хост для каждого из указанных томов.
  • При желании можно смонтировать standalaone/log контейнера keycloak для целей отладки, для чего затем потребуется добавить соответствующую запись в секцию volumes.
• Чтобы понять различия, сравните docker-compose файлы KHEOPS: исходные загруженные и после внесения изменений, описанных выше.
• Откройте KHEOPS, защищённый с помощью Keycloak, по адресу http://<docker-host>. Замените <docker-host> на имя хоста или IP-адрес, где запущены и работают контейнеры KHEOPS.
• Новым пользователям необходимо Register (зарегистрироваться) с указанием email / пароля и других данных. Для возвращающихся / существующих пользователей — выполните вход в консоль KHEOPS.

• После входа в систему в целях тестирования или иным образом выберите Import Files (импортировать файлы), т.е. исследования, в свой Inbox.

• Для интеграции с STOW RS Exporter из DCM4CHEE Archive 5.x создайте альбом и токен для него.

• Создание альбома

  

  

• Перейдите в Settings (настройки) альбома и создайте токен для этого альбома, который позже будет использоваться в конфигурации STOW RS Exporter.

  

  Сохраните секрет токена, поскольку позже он будет недоступен

  

  

Конфигурация архива

• Кроме того, запустите DCM4CHEE Archive 5.x согласно Run minimum set of archive services on a single host. Обязательно измените "8080:8080" в контейнере arc (например, на "8880:8080"), поскольку контейнер Keycloak в KHEOPS использует то же отображение портов.
• Откройте DCM4CHEE Archive 5.x по адресу http[s]://<docker-host>:<port>/dcm4chee-arc/ui2. Замените <docker-host> на имя хоста или IP-адрес, где запущены и работают контейнеры архива. Замените <port> на изменённое значение отображения порта из предыдущего пункта.
• По умолчанию архив преднастроен с устройством stowrsd, которое действует как STOW-RS-сервер. Поскольку KHEOPS будет выступать в роли STOW-RS-сервера, выполните одно из следующих действий:
  • Клонируйте устройство stowrsd и переименуйте его в kheops, перейдя в Menu -> Configuration page -> Devices tab -> stowrsd -> Clone device или
  • Создайте новое устройство для kheops, перейдя в Menu -> Configuration page -> Devices tab -> More functions -> Create device
• После того как устройство kheops
  • Создано: выберите Edit device и перейдите в его
    • Child Objects -> Network Connections -> Add new Network Connections: укажите подходящее Name. Значения Hostname и Port должны соответствовать docker-хосту, на котором запущены контейнеры KHEOPS, и 80 соответственно. Далее перейдите в его Extensions -> Network Connection Extension -> (Add +) dcm4che proprietary network connection attributes; выберите Protocol = HTTP и нажмите Save. или
  • Клонировано: выберите Edit device и перейдите в его
    • Child Objects -> Network Connections: выберите сетевое подключение и укажите новые значения для Hostname и Port. Они должны соответствовать docker-хосту, на котором запущены контейнеры KHEOPS, и 80 соответственно.
  • Далее перейдите в его Extensions -> Device extension (Edit) -> Child Objects -> Web Applications и выберите stowrsd_CLONE из списка.
    • Переименуйте Web Application name, например, в KHEOPS. Примечание: убедитесь, что в Web Application name нет пробелов, поскольку это имя позже используется при конфигурации URI в STOW RS Exporter.
    • Выберите сетевое подключение, созданное/обновлённое на предыдущем шаге, для Web Application Network Connection(s).
    • Укажите подходящее Web Application Description, например KHEOPS STOW-RS server.
    • Укажите Web Service Path как /api.
    • Выберите STOW_RS в качестве Web Service Class.
    • Добавьте следующие Property:
    • allow-any-hostname=true
    • bearer-token=<album-token>. Замените <album-token> на значение созданного токена для созданного альбома KHEOPS. и нажмите Save.
• Создайте STOW RS Exporter, перейдя в Menu -> Configuration page -> Devices tab -> dcm4chee-arc -> Extensions -> Device extension (Edit) -> Extensions -> Archive Device (Edit) -> Child Objects -> Exporter descriptor -> Add new Exporter Descriptor (+).
  • Укажите URI как stow:KHEOPS
  • Задайте Exporter ID и Exporter Description, например STOW-RS Export to KHEOPS
  • Выберите подходящую очередь экспорта (Export Queue) в Queue Name.
  • Выберите Archive Application Entity (AE) title = DCM4CHEE и нажмите Save.

Тесты и проверка

• Экспортируйте исследования в KHEOPS через UI архива, перейдя в Menu -> Navigation page -> Studies tab. Выберите Web App Service, например DCM4CHEE, и выполните поиск исследований в архиве.

• Выполните Export Study с использованием Synchronised DICOM STOW-RS exporter в веб-приложение KHEOPS, настроенное на предыдущих шагах и выступающее в роли STOW-RS-сервера.

  - Просмотрите экспортированное исследование в альбоме KHEOPS

  

Анонимизация экспортированных исследований

• При желании можно анонимизировать исследования при их сохранении в KHEOPS. Для этого требуется конфигурация принудительного преобразования атрибутов (attribute coercion) в архиве (Navigation -> Devices -> dcm4chee-arc -> Device extension -> Archive Device extension -> Child Objects -> Attribute Coercion). Примечание: замените <your.domain.here> на имя хоста или IP-адрес, где запущены контейнеры KHEOPS.

```` version: 1

dn: cn=De-identify objects on outgoing STOW,dicomDeviceName=dcm4chee-arc,cn=Devices,cn=DICOM Configuration,dc=dcm4che,dc=org objectClass: dcmArchiveAttributeCoercion cn: De-identify objects on outgoing STOW dcmDIMSE: C_STORE_RQ dicomTransferRole: SCP dcmDeIdentification: BasicApplicationConfidentialityProfile dcmProperty: ReceivingHostname= ```` - Экспортируйте исследование из архива и просмотрите его в альбоме KHEOPS

Убедитесь по журналу archive server.log, что настроенное преобразование атрибутов применено 2021-03-31 12:16:56,801 INFO [org.dcm4chee.arc.export.rs.ExporterRS] (default task-17) Process POST /dcm4chee-arc/aets/DCM4CHEE/rs/studies/1.2.392.200036.9125.0.199302241758.16/export/stowrs:KHEOPS from null@192.168.2.180 2021-03-31 12:16:57,233 INFO [org.dcm4chee.arc.retrieve.impl.RetrieveServiceImpl] (default task-17) Coerce Attributes from rule: ArchiveAttributeCoercion[cn=De-identify objects on outgoing STOW, priority=0, DIMSE=C_STORE_RQ, role=SCP, cuids=[], conditions={ReceivingHostname=vrinda-pc}, retrieveAsReceived=false, deIdentification=[BasicApplicationConfidentialityProfile], xslturi=null, noKeywords=false, leadingCFindSCP=null, mergeMWLMatchingKey=null, mergeMWLTemplateURI=null, attributeUpdatePolicy=MERGE, trimISO2022CharacterSet=false, useCallingAETitleAs=null, nullifyTags=[], nullifyTags=[], nullifyIssuerOfPatientID=null, issuerOfPatientIDs=[], issuerOfPatientIDFormat=null, supplementFromDeviceName=null]